Đề án 959 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2010, mục tiêu xây dựng, phát triển các trường THPT chuyên thành một hệ thống cơ sở giáo dục có chất lượng giáo dục cao, đạt chuẩn quốc gia, có trang thiết bị dạy học đồng bộ, hiện đại. Đề án có mức kinh phí được xác định hơn 2.312 tỷ đồng. Sau 10 năm thực hiện, hệ thống trường chuyên được củng cố, phát triển từ 68 trường năm 2010 lên 77 trường năm 2020. Hiện đảm bảo mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư có ít nhất 1 trường chuyên, có nơi 2 trường chuyên phù hợp điều kiện, mục tiêu phát triển của địa phương. Tỷ lệ học sinh giỏi của trường chuyên trong cả nước tăng dần qua các năm, năm 2020 tăng gần gấp đôi so với năm 2010. Đội ngũ giáo viên, cán bộ quản lý của trường chuyên có những bước đột phá về trình độ đào tạo, năng lực chuyên môn.
Tuy nhiên, việc thực hiện Đề án 959 còn một số tồn tại, như tỷ lệ trường chuyên chưa đạt chuẩn quốc gia còn khá cao; kế hoạch giáo dục của nhà trường ở một số nơi vẫn coi nặng việc tổ chức bồi dưỡng đội tuyển học sinh giỏi, chưa tăng cường nhiều cho học sinh các kỹ năng thực hành, thí nghiệm, nghiên cứu khoa học và các kỹ năng mềm khác...
Để hệ thống trường chuyên tiếp tục phát huy hiệu quả của mô hình giáo dục chất lượng cao, lãnh đạo Bộ GD&ĐT đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ GD&ĐT chủ trì, phối hợp các bộ, ngành T.Ư liên quan tiếp tục xây dựng và trình đề án Phát triển hệ thống trường THPT chuyên giai đoạn 2022 - 2032, nhằm tiếp tục đổi mới, xây dựng hệ thống trường chuyên trở thành các trường chất lượng cao, đặt trên nền tảng của các trường chuyên hiện có.
Với các địa phương, Bộ GD&ĐT đề nghị lãnh đạo các tỉnh, thành phố chỉ đạo các sở, ban, ngành đẩy mạnh tuyên truyền, phổ biến những thành tựu đạt được của hệ thống trường chuyên nhằm tăng cường nhận thức đúng đắn về mục tiêu giáo dục của trường chuyên là đào tạo tinh hoa cho đất nước. Ngoài ra, quy hoạch, sắp xếp hệ thống trường chuyên phù hợp, cân nhắc việc xây dựng 2 trường chuyên tại các thành phố lớn, tập trung phát triển 1 trường chuyên tại các tỉnh. Bên cạnh đó, có thể xây dựng hệ thống trường chất lượng cao, xây dựng trường chuyên tư thục theo hướng phát triển toàn diện cho học sinh.